Справившись с Боузером и вернув покой в Бруклин, Марио думал, что настало время передышки. Однако покой оказался недолгим. Коварный союз банды Варио и Боузера-младшего приготовил новую угрозу. Их амбиции простирались далеко за пределы одного города — они задумали подчинить себе весь мир.
Теперь Марио не может действовать в одиночку. Рядом с ним верные друзья, готовые поддержать в любой схватке, и неутомимый Йоши. Вместе им предстоит пройти через череду опасных испытаний, разгадывать хитроумные ловушки и сражаться с приспешниками злого альянса. Их главная цель — сорвать чудовищные планы захвата власти и не дать тьме поглотить всё вокруг.